目?录

第1章　超有机体——微生物与宿主共生 1

1.1　溯古追源——新技术带来的新发现 1

1.2　人体内有多少微生物细胞？ 8

1.3　人体中的病毒微粒 14

1.4　其他物种中的微生物组 15

1.5　来自远古的微生物组 15

1.6　总结 18

第2章　微生物群落生态 21

2.1　宏观生态学中的营养级 21

2.2　微生物群落稳定性、多样性及丰富度 22

2.3　皮肤微生物的几种不同生境 27

2.4　影响口腔微生物的因素 29

2.5　一个稳定的肠道菌群 32

2.6　肠型和塞伦盖蒂法则 38

2.7　总结 41

第3章　宏基因组样本收集 55

3.1　样本中非微生物的部分，会影响DNA提取和测序量 55

3.2　对于粪便及生物量较低的宏基因组，要注意减少采样过程中

每一步的污染 57

3.3　采样后，防止微生物增殖的试剂 62

3.4　对于宏基因组样本的DNA提取方法 63

3.5　测序量 64

3.6　分类和功能概况，以及绝对丰度 65

3.7　宏基因组关联分析的样本量 66

3.8　总结 69

第4章　人体中的流行病学 79

4.1　和新型冠状病毒疫情类比 79

4.2　婴儿肠道共生菌的来源 81

4.3　共生微生物的异位存续 82

4.4　病灶部位菌群 82

4.5　微生物组中的跨界相互作用 89

4.6　其他显示微生物存在差异的组学数据 90

4.7　总结 94

第5章　演化中的微生物分类 102

5.1　对于常规应用的固定参考集 102

5.2　随着分类单元精度提升，数据变得稀疏 110

5.3　物种水平以下的微生物演化历程 112

5.4　全细胞模型以实现从基因组到功能的完整预测 116

5.5　总结 118

第6章　共生微生物的疾病因果关系 124

6.1　因果推断 124

6.2　人类微生物和疾病之间关系的当前证据等级 129

6.3　从微生物到分子 132

6.4　总结 137

第7章　宏基因组的临床应用 145

7.1　疾病筛查领域的宏基因组研究 145

7.2　临床实践启发深入研究 157

7.3　利用微生物组知识重新定义现有疾病分类的可能性 159

7.4　总结 161

第8章　微生物档案描绘生命轨迹 173

8.1　在重要阶段进行前瞻性微生物采样 173

8.2　从基因风险到疾病预防 180

8.3　总结 182

致　谢 195