清华大学启迪创新研究院由清华大学联合科技部政策法规司、中关村科技园区管委会和海淀区人民政府共同发起设立，清华科技园的建设者——启迪控股股份有限公司承担其日常工作和运行发展。研究院围绕国家有关科技创新和区域发展的相关政策，结合启迪控股在科技新城、清华科技园（TusPark）和启迪创业孵化器（TusStar）等具体业务实践，致力于研究在创新型国家建设过程中，如何通过政、产、学、研、金、介、贸、媒等各方面的要素整合，优化和完善区域创新环境，进而提炼、总结形成具有启迪特色的研究成果，为推动国家新型城镇化建设和搭建有中国特色的科技创新服务体系建言献策。

清华大学启迪创新研究院以理论来源于实践、理论运用于实践为准则，强调研究成果的应用价值和实践意义。借鉴世界一流研究机构的成功经验，突破传统学科划分体系，在组织形式、管理体制、运行机制和研究模式等方面不断创新。

清华大学启迪创新研究院首任院长由11届全国人大常委会副委员长华建敏先生担任，聘请徐冠华、陈清泰、吴敬琏、王大中、钱颖一、柳传志、李开复为研究导师。研究队伍采取小实体、大联合的模式，除精干的专职人员外，还同时聘请国内外顶尖的理论家、科学家、企业家等参与研究工作。