第1章染色质的结构与功能

11细胞核的结构与功能

111细胞核的结构

112细胞核的功能

12染色质结构

121染色质纤维

122染色质分为常染色质和

异染色质

13核小体

131发现历史

132核小体的结构

133相位

14染色体

141染色体的化学组成

142染色体的DNA

143染色体的特征性结构

15核仁结构与功能

151核仁的化学组成

152核仁的结构

153核仁的形成

154核仁的功能

参考文献

第2章核小体定位

21基因组上核小体定位的实验

图谱

211基因组尺度核小体定位

作图的基本策略

212基因组尺度核小体定位

图谱

22基因组上核小体分布的一般

模式

221DNA转录相关位点邻近

核小体分布

222DNA复制起始位点邻近区

核小体分布

223核小体定位的“统计

定位”模型

23核小体定位的理论研究

231从DNA序列到核小体

定位

232基于DNA结构的物理性质

预测核小体定位

233核小体定位的反式因子

24邻近核小体和染色质高级结构

影响核小体定位

241核小体串珠

242高级染色质结构的影响

25核小体定位与基因表达调控

26总结与展望

参考文献

第3章染色质重塑

31染色质重塑概述

32SWI/SNF复合物

321SWI/SNF复合物的组成

322SWI/SNF复合物的结构域

和功能

323SWI/SNF复合物与癌症

33ISWI复合物

331ISWI复合物的组成

332ISWI复合物的功能

34CHD复合物

341CHD复合物的组成

342Chd蛋白的位置和组织表达

模式

343Chd蛋白在染色质组装和

重塑过程的作用

344CHD家族成员的多亚基

复合物

345Chd蛋白和转录延伸

346发育和分化阶段的

Chd蛋白

347Chd蛋白与人类疾病

348总结与展望

35INO80复合物

351INO80复合物的组成

352INO80复合物的功能

353SWR1复合物的组成

354SWR1复合物的功能

355总结与展望

36染色质重塑模式和机制

361染色质重塑模式

362染色质重塑机制

37总结与展望

参考文献

第4章组蛋白修饰

41组蛋白修饰概述

411组蛋白的分类和性质

412组蛋白修饰的种类

42组蛋白修饰酶及其相关复合物

421乙酰化酶及其复合物

422组蛋白甲基化酶

43组蛋白变体及其修饰

431组蛋白变体概述

432组蛋白变体修饰

44组蛋白密码

参考文献

第5章DNA甲基化

51DNA甲基化概况

52真核生物DNA甲基化分布

模式

53真核生物DNA甲基化修饰

系统

531DNA甲基转移酶

532甲基化结合蛋白

54DNA甲基化与遗传物质的

稳定性

541DNA甲基化与DNA复制

起始

542DNA甲基化与错配

修复

543DNA甲基化与转座子

失活

55DNA甲基化与基因表达调控

551DNA甲基化直接影响一些

转录因子的结合活性

552DNA甲基化结合蛋白与转

录抑制

56DNA甲基化与其他表观遗传修饰

的关系

561DNA甲基化与核小体

定位

562DNA甲基化与组蛋白

修饰

563DNA甲基化与非编码

RNA

参考文献

Ⅵ

第6章RNA可变剪接的表观遗传学

机制

61引言

62可变剪接的基本机制

621可变剪接的基本概念

622可变剪接的基本类型

623可变剪接的基本机制

63转录与剪接同时进行的机制

64可变剪接受RNA聚合酶Ⅱ延伸

速率的控制

65可变剪接的表观遗传学机制

651可变剪接与核小体定位

652组蛋白修饰诱导可变

剪接

653可变剪接与DNA

甲基化

654可变剪接与组蛋白

变体

655RNA与可变剪接

656可变剪接的新模型

657可变剪接相关生物大分子

(蛋白质、DNA和RNA)

相互作用网络

66总结与展望

参考文献

第7章非编码RNA研究进展

71RNA干扰

72siRNA的研究进展

721siRNA的简介

722siRNA的作用机制

723siRNA的特点

724RNAi的应用

73miRNA的研究进展

731miRNA的简介

732miRNA的产生机制

733miRNA的作用机制

734miRNA的功能

735总结与展望

74piRNA的研究进展

741piRNA的发现

742piRNA的结构特征

743piRNA的分布

744piRNA的产生机制

745piRNA的功能

746piRNA的总结与展望

747小RNA的总结与展望

75长链非编码RNA的研究进展

751lncRNA的产生机制

752lncRNA的功能

753lncRNA与疾病

754总结与展望

参考文献

Ⅶ

目录

第8章假基因研究进展

81假基因

811假基因的发现

812假基因的结构特征

82探讨假基因的生物学意义

821假基因是Junk DNA？

822假基因的生物学意义

83假基因的识别

84假基因的进化

85假基因的分布

86假基因的功能

861一氧化氮合酶 (NOS)

假基因的功能

862Makorin1p1假基因的

功能及

作用机制

863假基因干预细胞的基因沉默

机制

864假基因产生siRNAs

865假基因保护snoRNA的

作用

866假基因的转录与

保守性

867假基因产生基因

多样性

868假基因的命运

869假基因的弊端

87总结与展望

参考文献

第9章表观遗传学研究实验技术

简介

91染色质免疫共沉淀技术

911ChIP技术的原理

912ChIP on chip 

913ChIPSeq

92全基因组定位技术

921基因表达系列分析的原理和

实验路线

922全基因组定位技术原理与

步骤

923应用

93体外组装核小体技术

931盐透析法体外组装

核小体

932依赖于ATP的体外组装

核小体方法

933体外组装单个核小体的检测

方法

934长片段DNA序列体外组装

染色质的检测方法

94核小体相位分析

941基本原理

942主要步骤 

943注意事项

944应用

95DNA甲基化分析技术

951基因组整体水平甲基化

分析

952特异性位点的DNA

甲基化的检测

953甲基化新位点的寻找

96染色质DNA酶Ⅰ高敏感位点的

检测

961基本原理

962基本步骤

963注意事项

964应用

97体内DNA足迹法

971基本原理

972操作步骤

973注意事项

974应用

参考文献

第10章表观遗传学相关数据库

简介

101核小体定位相关数据库简介

1011传统实验技术条件下的

核小体定位数据

1012高通量实验技术条件下的

核小体数据

102可变剪接数据库

1021可变剪接数据库概述

1022ASD数据库简介

1023ASAP数据库简介

103组蛋白修饰数据库

1031人组蛋白修饰数据库

1032酵母组蛋白修饰

数据库

104DNA 甲基化的相关数据库

105非编码RNA相关数据库简介

1051siRNA数据库介绍

1052miRNA数据库介绍

1053piRNA数据库介绍

1054lncRNA相关数据库

介绍

1055非编码RNA组数据库

NONCODE

参考文献

第11章表观遗传学的功能

111干细胞的分化

1111胚胎干细胞的分化

1112成体干细胞的分化

112X染色体失活

1121X染色体随机失活的

起始

1122Xist RNA介导的X染色体

沉默以及失活X染色体的

异染色质化

113基因组印记

1131哺乳动物的印记基因

1132基因组印记的周期及

机制

1133基因组印记的进化

114衰老的表观遗传学

1141衰老过程中的表观

遗传学

1142衰老相关疾病的表观

遗传学

115记忆过程中的表观遗传学

1151组蛋白的乙酰化修饰与依赖

于脑海马的记忆行为

1152组蛋白的乙酰化修饰与不依

赖脑海马的记忆行为

1153其他形式的组蛋白修饰与

记忆行为

1154DNA甲基化与记忆的

形成及储存

参考文献