第一，《大清現行刑律》雖然實施時間很短，但作為中國帝制時代最後一部正式頒布實施的刑法典，它在中國法制史上的意義不言而喻，而《大清現行刑律講義》是清代唯一一部系統分析、全面解讀《大清現行刑律》的著作（清代其他律學作品均以《大清律（例）》及其他古代律典為研究對象），加之吉同鈞本人又直接負責《大清現行刑律》的編纂工作，法典本身與法典講義係同一作者，因此該部《講義》之於《大清現行刑律》，“唯一性”與“權威性”這兩個重要特點同時具備。
第二，吉同鈞作為“陝派律學”的代表人物，中國傳統律學修養深厚，其《大清現行刑律講義》是有清一代最後一部主要使用傳統律學方法與概念撰就的律學著作，它最完整地總結、吸納了前人諸說，薈萃了有清一代律學研究的精華。而隨著清末變法修律的展開、中國傳統法律體系的崩潰以及“陝派律學”的沒落，吉同鈞《大清現行刑律講義》竟成中國傳統律學著述之絕響。因此是書對研究清代律學乃至中國傳統律學具有無可替代的學術價值。
第三，《大清現行刑律講義》相比於清代其他律學作品的另一個突出特點，是該書撰就於中國法律古今交替之際，因而引入了當時西方各國刑法理念或刑法條文作為中律的參考與對照；而相比於同時期其他（法）律學家的各種《講義》類作品（包括吉同鈞於此前完成的《大清律例講義》），《大清現行刑律講義》所涵蓋的範圍最為豐富完整。因此本書是清代唯一一部貫通中西、運用但不局限于傳統律學的方法與材料對中國傳統刑事律典進行全面考察並在當時產生較大影響的律學著作。
第四，已如前述，吉同鈞作為一位“懂得制度的保守者”，在當時“變法自強”呼聲四起的大環境中、在清政府急於收回“領事裁判權”的壓力之下，他並未隨波逐流，而仍然提倡重視作為“國粹”的中律並倡導從中汲取營養，呼籲人們警惕對外國法律不加取捨盲目移植的行為。吉同鈞在《講義》中稱，“外國法律行之外國則盡善，行之中國難盡通。……且外國刑法亦各不同矣，無論流徒禁役，各因所宜。……再，外國均有習慣之法，雖政教日趨新異，而本國習慣之法終不能廢，《大清律》即中國習慣之法也。”17而《講義》中許多涉及中西法律差異的論述都是在圍繞著上述觀點進行展開，可以說，吉同鈞《大清現行刑律講義》是最早在微觀層面對比中西法律之優劣並反思移植外國法律利弊得失的專業論著，或為中國知識界質疑並反駁歐洲中心論和西方法律優越論的開山之作。而且後來的歷史發展也顯示，晚清政府急於求成地模範西方變法修律，對通行已久的本朝律例不分良莠一概捨棄，以撕裂傳統的方式強行推進法律文本與法律制度的“近代化”，如此大刀闊斧的改弦更張，最終不僅無補于國祚延綿，其對中國法律自然發展規律所造成的破壞，至今仍未能完全修復。清末變法修律距今已過去了一百餘年的時間，在此期間，中國無論是社會政治經濟還是風俗人情法理各領域都發生了一些巨變，但是移植外國法律為本國所用所將面臨的一些基本風險及其解決思路，當代中國與晚清時期仍有許多相同。而《大清現行刑律講義》作為清末西法東漸特殊歷史時期的產物，吉同鈞以一位專業人士的視角和一個親歷者的身份，見證並分析了當時新舊法律此消彼長的過程，其研究方法與問題意識乃至他的一些具體觀點，對於今天的法學研究者與法律工作者而言，則並未因時代的變遷而喪失其學理價值與借鑒意義。